Boğaz reflüsü ile mide reflüsü birbirinden farklıdır mide reflüsünde göğüste ağrı, göğüs arka duvarında yanma ve ekşime şikayetleri yaşanırken boğaz reflüsünde boğazda geçmeyen takılma hissi, sürekli boğaz temizleme, öksürük, ses kısıklığı, seste çatallaşma, geniz akıntısı, boğaz kuruluğu ve ağız kokusu gibi bir çok şikayete neden olur.